上流部の自然環境

宮川ダムより上流の源流域は日本有数の多雨地帯で、豊かな自然林が広がっており、オオダイガハラサンショウウオなどが生息している。
宮川ダムから粟生頭首工間の上流域は、河岸段丘を形成しており、川岸岸壁植物群落が見られるほか、ネコギギやアブラハヤ、アマゴ等が生息している。

中流部の自然環境

粟生頭首工から岩出付近までの中流域は、大きな蛇行に伴い連続する瀬淵が形成され、オイカワ、ウグイ、シマヨシノボリが生息している。

下流部の自然環境

岩出付近から河口までの下流域は、高水敷にはエノキ-ムクノキからなる広葉樹林が分布している。また、ワンド・たまりが点在し、タナゴ類が生息している。河口部には干潟や塩性湿地が広がり、シギ・チドリ類等の鳥類やヤマトオサガニ等の底生動物が生息している。塩性湿地にはヨシやナガミノオニシバ等が生育している。