花宗堰から瀬高堰までの区間は、急峻な上流部を抜け、花宗堰から扇状地が広がり、緩やかに蛇行しながら流下し、河床は主に礫・砂で河原が形成されています。河道は変化に富むとともに瀬・淵が連続し、瀬はアユ等の貴重な産卵場となっているほか、水際部や砂礫河原は、サギ類やシギ・チドリ類等の鳥類の採餌場となっています。
南筑橋~船小屋地区はゲンジボタルの発生地(昭和16年指定)として、さらに樹齢300年を超える船小屋地区の中ノ島公園のクスノキ林(昭和49年指定)がそれぞれ国指定の天然記念物に指定されており、多様な河川環境を保全していく必要があります。