夜明峡谷から筑後大堰までの中流部は、九州を代表する穀倉地帯である筑紫平野を緩やかに蛇行しながら流れ、瀬、淵、ワンド、河原等の多様な動植物の生育・生息環境を形成し、流域最大の都市である久留米市街部を貫流します。水際にはエビモ、ヤナギモなどの沈水植物、低水敷にはツルヨシ群落など、高水敷にはオギ群落などが分布し、河岸にはアカメヤナギ、エノキなどの高木林が点在し、高水敷には九州北部でも少ないセイタカヨシ群落も分布します。
河川には、流水域を好むオイカワ、緩流域を好むウグイ、フナ類等が生息し、早瀬はアユの産卵場となっています。また、水際の抽水・沈水植物生育地にはオヤニラミ、キイロカワカゲロウなどが生息しています。陸域では、カワセミ、河原で繁殖するコアジサシ、ツバメチドリなどの鳥類、オギ等高水敷のイネ科植物に巣を作るカヤネズミなどの哺乳類が生息しています。陸域では、カワセミ、河原で繁殖するコアジサシ、ツバメチドリなどの鳥類、オギ等高水敷のイネ科植物に巣を作るカヤネズミなどの哺乳類が生息しています。