木津川上流域の伊賀上野地域では、直下流の岩倉峡という狭窄部を一部開削して京・大阪との水運が行われたり、干害に備えてため池をたくさん作ったり、必要な時には上野城の壕の水を利用したりしていました。また、天平の頃、下流域の山城盆地には聖武天皇が繰り返した遷都のひとつ「恭仁京」(くにのみやこ)が存在し、この頃、木津川を越えて新京を造るための橋が渡されることになりました。
木津川の上流域には忍者の里として有名な伊賀上野地区があります。歴史的にみても伊賀上野は戦略上の重要拠点で豊臣の時代には東からの守りの要として筒井定次がこの地に上野城を築きました。
上野は木津川、服部川、柘植川の合流点にあたりますが、すぐ下流の岩倉峡に「銚子ヶ」と言われる大きな岩盤が流れをさえぎるように横たわっていたので、その上流は湖のようになっていました。
慶長年間(1596~1615)に筒井定次は土木家として有名な京都の豪商、角倉了以に要請して銚子口を取り除き、京・大阪への航路を開かせました。徳川の時代になると藤堂高虎がこの地を治め、今度は大阪からの守りを固める城として上野城の改築を実施しました。城の城郭は長さ30mと言われ、大阪城と肩をならべる規模です。
角倉は上野城下の長田橋まで川底をさらえ、水運は多いに盛んとなりました。しかし、安政元年(1854)の大地震で上野盆地は最大約1.5mも地盤沈下をおこし、岩倉峡の水はけが再び悪化します。