阿賀川は、福島・栃木県境の荒海山(標高1,581m)にその源を発し、荒海川、桧沢川等の源流峡の源流峡谷の水を集め、猪苗代湖から流下する日橋川、会津若松市街地を流下する湯川などの支川を合わせながら会津盆地を流れ、やがて只見川と合流し阿賀野川となって、福島・新潟県境の峡谷部や新潟平野を経て日本海に注いでいます。
阿賀川流域内には会津若松市、喜多方市をはじめ2市15町11村があり、福島県の面積の約39%を占めています。
本川は、上流の帝釈山地の山間を抜け、馬越頭首工付近より下流で会津盆地中央を流れる扇状地河川となります。会津盆地において、広い河川敷を幾筋も蛇行する細流となって流下していき、更に会津盆地を抜ける付近の下流狭窄部においては、渓谷状の河道となります。
河道は、樹木が河道面積の約2割を占めており、蛇行や河床の変化の中で、多くの瀬や淵などにはぐくまれ、多様な水辺空間と生態系を形成しています。